虽然安装和操作的过程并不复杂,但是这里面的交互逻辑还是得大概梳理一下。CudaSPONGE本身支持从plugin中调用几个固定的接口函数,如
Calculate_Force()用于更新作用力,还有
Mdout_Print()打印输出回调函数等等。调用的方式是通过动态链接库加载,也就是说,plugin的开发逻辑是先有一个python文件或者C语言文件,其中的API要跟CudaSPONGE对齐,然后编译成so动态链接库,供CudaSPONGE模拟的过程去调用,这是一个CudaSPONGE plugin开发的逻辑链条。