如果我们考虑空间中有
\(N\)个分子，这
\(N\)个分子可以摆放在任意的位置，以任意的角度。那么这些不同的位置和角度，每一个都可以计算出来一个能量值，不论是使用分子力场的方法，还是使用第一性原理计算的方法。而这其中每一个能量较低的位置组合，都是一个潜在的分子对接形式。两个分子的对接就叫两体对接，两个以上分子的对接可以称为多体对接。目前大多数的分子对接软件支持的还是两体对接，随着分子数量的增长，多体对接的计算难易度有可能是随着分子数量指数增长的。具体的复杂度跟建模方式有关，例如，在这篇文章中用到的二元建模方法，采样空间就是指数增长的。

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